Williams Vater, John Shakespeare, war ein wohlhabender Handschuhmacher, Gerber und Wollhändler, der Eigentum in Stratford besaß. Für einige Jahre spielte er eine herausragende Rolle im städtischen Leben der Stadt. Er diente im Stadtrat und wurde zum Gerichtsvollzieher (Bürgermeister) gewählt. Um 1576 war John Shakespeare jedoch mit schweren finanziellen Schwierigkeiten konfrontiert und musste das Erbe seiner Frau verpfänden.
Williams Mutter Mary Arden war die Tochter eines wohlhabenden Bauern, Robert Arden, der ihr ein Stück Land in Wilmcote in der Nähe von Stratford hinterlassen hatte. John und Mary Shakespeare hatten acht Kinder: vier Töchter, von denen nur eine (Joan) die Kindheit überlebte. William war der älteste der vier Jungen.